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Ende des 18. Jhd. versuchten mehrere Gemeinden (z.B. Egnach TG und 1778 Wigoltingen TG , die damals noch zur Zürcher Obrigkeit gehörten) vergeblich, wieder eine Erlaubnis für eine Orgel zu bekommen; zuerst gelang dies ZH-Fluntern, aber ausdrücklich nur zum Gebrauch ausserhalb des Gottesdienstes.
1808 schliesslich erkämpfte sich die Stadtkirche Winterthur ZH wieder eine Orgel: man beschaffte ein Instrument aus dem aufgehobenen Kloster Salem/Baden (D); aber es gab viel Widerstände - und der Schweizer Zoll erhob bei der Einfuhr eine "Luxussteuer"...; die Orgel wurde am Martinstag 1810 (11.11.) eingeweiht, - und umfasste 44 Register mit 2266 Pfeifen auf 3 Manualen; also ein mittleres Instrument.
Damit war der Bann gebrochen: 1819 folgte Gossau, 1824 Wädenswil, 1839 ZH-Neumünster, dann Andelfingen, schließlich 1876 ZH-Großmünster, erst 1893 Küsnacht.
- Was natürlich enorme Auswirkungen auf die Orgelkultur hatte, weil die gesamte europäische Orgelbau-Tradition des 16.-18. Jhd. ausgeblendet war: kein Fritzsche, kein Silbermann, kein Schnitger etc. .
Die Zürcher Tradition setzte erst wieder mit dem Orgelbau des mittleren und späten 19. Jhd. ein, wobei auch theologische Argumente (Hinweis auf die Psalmen z.B.) und die Einführung eines neuen Gesangbuchs (1890) mitwirkten.
Allerdings gab es immer wieder Probleme mit der Aufstellung im Kirchenraum (s. spezielles Kapitel).
Inzwischen ist auch reformierter Gottesdienst ohne Orgelspiel kaum mehr denkbar; - bzw. sucht man neuesterdings wieder nach "orgellosen" Formen, weil sie angeblich für die "Kirchenfernen und Jungen" leichter akzeptierbar seien.
(Der Besuch von Orgelkonzerten und Passionen deutet zwar eher auf das Gegenteil).