Lutherisch: Diese Kombination wurde auch in lutherischen Kirchen gewählt:
Die Schlosskirche in Torgau als erster protestantischer Kirchenbau 1544 hat die Orgel bereits über dem Altar, die Kanzel dagegen noch an der Längswand, also quer zu den Bankreihen positioniert. -
In Schmalkalden dann wurde in der Schlosskirche die Einheit von Altartisch (mit Taufe!), Kanzel und Orgel verwirklicht:

"Über dem steinernen Tischaltar schwebt die Kanzel, über ihr erhebt sich der Singchor mit Orgel. Der Gedanke der ideellen Einheit der gottesdienstlichen Stätte, die Einheit von Sakrament, Anbetung und Wort ist verfestigt worden. Architektonisch ist die Bedeutung des gepredigten Wortes, die freie Verkündung der evangelischen Wahrheit, in Szene gesetzt worden. Die Sammlung der Gemeinde findet ihr Zentrum im Kanzelaltar, der alle Kräfte in sich bindet."

Katholisch: Hier sind die Orgeln und ihre Werke oft geteilt: in "Epistel"(links)- und "Evangelien"(rechts)-Orgel, nach den liturgischen Orten der entsprechenden Lesung, bzw. entlang den Mittelschiff-Wänden (Chorschranken), aber auch im Ost-Chor - und ebenso an der Westwand (z.B. Einsiedeln SZ). -

Grosse Barock-Orgeln (z.B. Ottobeuren oder Amorbach) präsentieren sich mit ihrer prunkenden Prospekt-Fülle gern über dem Hochaltar.