Reformationszeit: 16. Jahrhundert

Ausschnitt aus dem Plan von Jos Murer 1576: Die drei Märtyrer-Kirchen.

Seit Ulrich Zwingli ab dem 1.1.1519 als Leutpriester im Grossmünster predigte, verbreitete sich sein biblisch-reformatorisches Gedankengut in der Stadt, bis nach der Disputation von 1523 der Grosse Rat die Reformation beschloss.

Wie in den anderen Kirchen wurden daraufhin auch im Grossmünster 1524 die Heiligenbilder und Altäre entfernt. - 1525 beseitigte man das Kirchengerät. - 1526 wurde ein Kanzellettner aus den zerstörten Altären der übrigen Zürcher Kirchen errichtet (vgl. bei "Augustinerkirche").

1527 wurde auch die Schwalbennest-Orgel abgebrochen.