Das Zisterzienserkloster wurde 1185 von den Freiherren von Eschenbach-Schnabelburg-Schwarzenberg gestiftet und von Hauterive FR aus besiedelt. Im 13. Jhd. wurde es mit Vergabungen verschiedener Adelsgeschlechter der Gegend bedacht, die daraufhin ihre Grablegen in den Seitenkapellen der Kirche bekamen.
Nach einem romanischen Vorgängerbau von 1210 wurde die dreischiffige gotische Basilika der Klosterkirche von 1283 (Altar- und Querhaus) bis 1349 (Mönchs- und Konversenkirche, Langhaus) errichtet.
Seine Blütezeit erlebte das Kloster nach der Verwüstung im Alten Zürichkrieg 1443. Nach einem Brand 1493 wurde es renoviert.
Der letzte Abt, Wolfgang Joner, übergab in der Reformation 1527 das Kloster der Stadt Zürich. Er selbst fiel zusammen mit Zwingli in der Schlacht bei Kappel 1531. (Vgl. bei "Umgebung").
Das Kloster wurde aufgelöst und als Knabeninternat geführt, die Kirche zur Pfarrkirche der umliegenden Dörfer. Im Retrochor vor der Mönchskirche wurden Kanzel und Taufstein erstellt, die Altäre und Figuren wurden entfernt, das Gestühl und die Glasfenster aus dem 14. Jhd. blieben jedoch erhalten, ebenso Teile der Bemalung in den Seitenkapellen.
Heinrich Bullinger wirkte, 1523 als 19-Jähriger von Abt Joner berufen, als Hauslehrer bis 1531 im Kloster und gab so den Anstoss zu dessen Selbstauflösung.
1956-59 fand die letzte grosse Innenrenovierung statt (Einbau der Orgel), 2000/01 die jüngste Aussenrenovation.
Das Langhaus ist unterteilt in die Mönchskirche mit dem Chorgestühl von ca. 1320 und die Konversenkirche.