Erhalten sind 5 Fenster in der nördlichen Obergaden-Wand, entstanden um 1310. Sie gehören neben den jüngeren von Königsfelden zu den wichtigsten Zeugnissen gotischer Glasmalerei in der Schweiz.
Die meisten der lt. Bullingers Beschreibung ursprünglich vorhandenen Scheiben wurden bei den Plünderungen nach dem 2. Kappelerkrieg 1531 zerstört, Reste im 19. Jhd. beseitigt.
Die einzelnen Fenster von O her:
Der Gekreuzigte zwischen Maria und Johannes, darunter Verkündigung und - links, als kniender Ritter im Harnisch - der Stifter Walter von Eschenbach, wie aus dem Spruchband hervorgeht.
Er wurde als einer der Königsmörder von Königsfelden 1309 in Reichsacht getan und starb wohl 1343 unerkannt als Schäfer im Württembergischen.
Madonna zwischen Andreas und Johannes dem Evangelisten.
Johannes der Täufer zwischen Jakobus d.Ä. im muschelbesetzten Pilgerrock und dem Hl. Oswald.
Das 4. Fenster zeigt Bernhard von Clairvaux, den Gründer des Ordens, mit zwei Zistezienser-Bischöfen (keine Abbildung).
Christus mit den Wundmalen zwischen Thomas und Johannes dem Evangelisten.
Chorfenster "Christus als Weltenherrscher" von Max Hunziker, 1964.