1223 wurde eine romanische Kapelle erstmals erwähnt. Bei Ausgrabungen 1966/67 wurden die Fundamente eines Langhauses mit quadratischem Turmchor nachgewiesen.
Zollikon war eine Filiale des Grossmünster-Chorherrenstifts.
Um 1350 wurde der Chor gotisch vergrössert.
1495 Der Zürcher Rat erlaubt den Zollikern, für einen Kirchenneubau zu sammeln ("Bettelbrief").
1497-99 Bau der spätgotischen Kirche: Saal mit eingezogenem 5/8-Chor und NW-Flankenturm am Schiff. Wegen Finanzstreitigkeiten mit dem Grossmünster-Stift wurde der Chor als letztes neu gebaut.
1520 Standesscheiben Zürich im mittleren Chorfenster (eine vom Grossmünster-Chorherrenstift 1499 gestiftet).
1523 Reformation mit Bildersturm (Altäre, Fresken, Palmesel und Taufstein entfernt)
1524 Täuferbewegung, von Zürich verfolgt
1655: Barocke Portale mit Vorzeichen (Vordach) an W- und S-Seite; Ornamentmalereien im Chor (Jahreszahl) und im Schiff (Sprüche an der S-Wand).
1742: Régence-Stuckdecken von Johannes Meyer in Chor und Schiff ersetzen die flachen Holzdecken.
1766: Neue Zifferblätter am Turm; bis 1795 wegen der querständigen Käsbisse nur zwei: nach Zürich (N) und nach Küsnacht (S), weil dorthin die Giebel zeigten.
1795: Käsbissenturm durch Spitzhelm mit 4 Zifferblättern nach Fraumünster-Vorbild ersetzt (Johannes Volkart)
1851 und 1888: Der Chor geht ins Eigentum erst des Kantons, dann der Kirchgemeinde über.
1898: Zum 400-Jahr-Jubiläum bekommt die Kirche 4 neue Glocken.
1908: Sakristei-Anbau nordöstlich an Chor und Schiff, Kanzel, Orgel-Neubau (Carl Theodor Kuhn) im Chor; Ersatz des alten Taufsteins von 1498 durch einen rechteckigen Jugendstil-"Altar".
1937: Wegen Platzmangels wird das Schiff auf der ganzen Länge als "Seitenschiff" nach N erweitert (grosse Fensterfront, Heimatstil); 2. Orgel-Neubau (Metzler-Dietikon) auf der N-Empore neben dem Chorbogen (daher dort die kleinen Fenster). Neuer Tulpen-Taufstein von Otto Münch im Stil des 17. Jhd.s.
1966/67: Gesamtrenovation mit Ausgrabungen unter und neben der Kirche. Emporentreppen-Neubau an der Westseite, Wiederaufstellung des alten Taufsteins, 5-stimmiges Geläut (gegossen von Fa. Rüetschi-Aarau: 4 von 1898, 1 von 1967, gestiftet von der Politischen Gemeinde). Anbau einer Vorhalle mit Walmdach am Eingang des N-"Seitenschiffs".
1970/71: 3. Orgel-Neubau (Kuhn-Männedorf), diesmal auf der W-Empore, mit Rückpositiv an der Brüstung.