Das Zwingli-Denkmal von Heinrich Natter (1885) vor dem Chor auf der Südseite der Wasserkirche.
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Die Reformation

Huldrych Zwingli, Zürichs berühmter und streitbarer Reformator, predigt am Grossmünster gegen Bilder und Musik in der Kirche. Nichts soll von Gott und von Gottes Wort ablenken. 1524 wird die Wasserkirche von Zwingli als "rechte Götzenkilche" bezeichnet.

Bilder, Altäre und Orgel werden in der Folge aus der Kirche entfernt. Die Kriegsbanner werden ins Zeughaus verbannt und der "Heilbrunnen" wird zugeschüttet. Die Kopfreliquien von Felix und Regula hingegen werden von Katholiken in die Kirche von Andermatt im Kanton Uri gerettet (- und erweisen sich im 20. Jhd. als unecht).

Innenraum der Wasserkirche mit den 1717 eingebauten barocken Holzgalerien. - Einblattradierung von Joh. Melchior Füssli 1718; Neujahrsblatt der Burgerbibliothek auf das Jahr 1719. (Zentralbibliothek Zürich).

Warenlager, Markthalle und Stadtbibliothek

Nach dem Bildersturm steht die Wasserkirche einige Jahre leer. Dann dient sie als Warenlager und Vorratskammer. Mit dem Einbau von zwei Böden wird zusätzlich Raum geschaffen. Das Erdgeschoss wird nun als Markthalle genutzt.

1634 wird in der Kirche die Stadtbibliothek, die "Gemeine Bürger-Bücherei", eingerichtet. Die naturwissenschaftliche Abteilung entwickelt sich dabei zu einem eigentlichen Raritätenkabinett. In der Bibliothek arbeitet von 1891 bis 1894 eine Bibliothekssekretärin, die später grossen literarischen Ruhm erlangt: die Historikerin und Schriftstellerin Ricarda Huch.

Im 17. Jhd. gab es bereits wieder eine private Kleinorgel in der Kirche, die aber "keinesfalls gottesdienstlich" genutzt werden durfte, - was bei der damaligen Nutzung des Raumes auch kaum zu befürchten war. (vgl. bei "Orgel").

Der Wassergraben zwischen dem Limmatquai und der kleinen Insel, auf der die Wasserkirche, respektive die Stadtbibliothek, steht, wird erst 1839 zugeschüttet.

Vor dem Chor (der wegen der Lage am Fluss nicht nach Osten, sondern nach Süden weist) wird 1885 das Zwingli-Denkmal von Heinrich Natter errichtet, das den Reformator mit Bibel und Schwert zeigt.

Wieder ein Gotteshaus

Nach dem Umzug der Stadtbibliothek in die Zentralbibliothek am Zähringerplatz (1917) steht die Wasserkirche lange Zeit leer. 1940 werden in der Krypta archäologische Ausgrabungen durchgeführt, welche zur Entdeckung der Überreste der ältesten Kirche um 1000 n. Chr. führen.

Bei der Renovation von 1940 - 1942 erhält der Chor drei farbige Chor-Fenster, die vom bekannten Schweizer Künstler Augusto Giacometti (1877 - 1947) stammen. (Vgl. bei "Grossmünster"). - Das östlich angebaute "Wasserhaus" wird abgebrochen, die Fenster wieder hergestellt.

An der Nordwand wird eine Empore mit grösserer Orgel (Hauptwerk und Rückpositiv) erstellt.

Seither wird die Wasserkirche als evangelisch-reformiertes Gotteshaus genutzt.

1988 wird die Kirche noch einmal sanft renoviert, wobei allerdings die purifizierende Gestaltung von 1940/42 beibehalten wird. Die Krypta wird zugänglich gemacht.

Bei der Renovation 2004 wird im Dezember vor dem "Hinrichtungsstein" in der Krypta ein Adelsgrab ca. aus dem Jahr 1000 entdeckt (Näheres bei "nachrichten.ch").

Am "Tag des Denkmals 2005" hätte die neu renovierte Krypta zugänglich gemacht werden sollen; das musste wegen Feuchtigkeitsproblemen vorläufig abgesagt werden.