Längere Umbauphase, von Romanik über die Hochgotik bis zur Spätgotik reichend:
1250 Neubau des Chores: Die Reliquien wurden im und auf dem Hochaltar verwahrt, die Krypta damit überflüssig und verfüllt. - Rechteckiger Chor mit hohen Rundbogenfenstern (3 an der Ostfront, je 1 an den Seiten). Gewölbe mit Kreuzrippen.
Querschiffe ca. 1280-1300, im Übergang zur Gotik: im Südschiff neue Grablege für die Gründerinnen Hildegard und Berta.
Weitere gotisierende Um- und Neubauten im 14. Jhd.: Langhaus neu erstellt. - Westfront geschlossen, mit grossem Masswerkfenster. Der Obergaden blieb bis 1713/14 niedrig, das Gewölbe provisorisch.
Im 15. Jhd. wurden die Seitenschiffe mit kunstlosen Gurtbogen fertiggestellt, ca. 1470 der Chor durch einen polygonalen Lettner abgeteilt (spätgotische Halle), der 1911 zurückversetzt und begradigt wurde.
Ca. 1430 Anbau eines Beinhauses mit Sakristei östlich vor den Nordturm (die heutige Vorhalle stammt von 1900/01).
Angleichung des Südturms an die Höhe des Nordturms; niedrige Spitzhelme.
1478 stiftete der 1489 enthauptete Bürgermeister Hans Waldmann (Denkmal von H.Haller 1937 am Limmatufer vor dem Chor) ein "Gnadenstuhl"-Wandbild für die nördliche Aussenwand der Langhausfront (Original heute innen im Querhaus). - Sein Grabstein mit weggemeisselter Todesursache ebenfalls heute im N-Querhaus.
Erste Orgel 1479/80
Werk eines Mönchs aus dem Schwarzwaldkloster St.Blasien (vgl. bei "Birmensdorf"); zweimanualig, mit Rückpositiv und 6 Registern. Die Tasten wurden mit der Faust geschlagen ("die Orgel schlagen"!). - Das Werk sollte grösser und schöner sein als das des Grossmünsters. - Auch Hans Waldmann spendete daran.
(Näheres bei "Fraumuensterorganist.ch").