Bis 1548
Als letzter vorreformatorischer Bau wurde noch der "Neue Abteihof" südlich vom Kreuzgang realisiert (später Musiksaal, heute vom Stadthaus überbaut).
Nach der Übergabe der Abtei und der Kirche 1524 an die Stadt (vgl. bei "Katharina von Zimmern") wurde das Kloster aufgehoben und auch die Fraumünster-Kirche von Altären, Bildwerken und Orgel "gereinigt".
Die Märtyrer-Reliquien und die Gebeine der Gründerinnen wurden 1548 von Heinrich Bullinger "ehrlich in die Erden vergraben".
Um diese Zeit wurde die vor dem südlichen Querhaus seit dem 12. Jhd. bestehende Nikolauskapelle abgebrochen. Die Klostergebäude wurden fortan profan genutzt (s. bei "Umgebung").
Der Nonnenfriedhof im Kreuzgang wurde zum Begräbnisplatz der neuen Fraumünstergemeinde und bestand bis 1845.
Nach 1548
Vor 1576 (Murer-Plan) bekamen die Türme höhere Spitzhelme.