Überliefert ist, dass die Kirche vor der Reformation zwölf Altäre aufwies. Der Hochaltar wurde 1526 abgebrochen und als Baumaterial für den Kanzellettner im Grossmünster verwendet. Zwingli betonte, dass er auf dem "Götzenaltar der Augustinerchilchen" stehend das Evangelium verkünde.

Das Chorgestühl wurde 1527 in die Kirche St. Peter gebracht, wo es noch erhalten ist (s. dort).

Eine Kanzel aus Stein wird 1466 und 1527 erwähnt, eine Orgel 1504.

Wandmalereien aus dem 15./16. Jhd. wurden 1958/59 entdeckt, aber nicht erhalten.

Dagegen wurde eine wieder aufgefundene gotische Wandnische (Tabernakel?) in die Südwand des Chors eingemauert.

Ebenso wurde eine Grabplatte (Vigilius Gradner, + 1467) 1886 gefunden und wieder aufgestellt (Ostwand nördl. Seitenschiff).

Barocker Epitaph für den Ritter Gradner