Bis 1845

1840 konnte die katholische Gemeinde der Stadt Zürich mietweise die Kirche übernehmen.

Ferdinand Stadler baute sie 1843/44 grundlegend im neugotischen Stil um, als eines der ersten Beispiele dieser Art in der Schweiz und die erste neugotische Kirche in Zürich.

Auf eigenes Geläut und damit auf den projektierten Turm musste auf Anordnung des Regierungsrates allerdings verzichtet werden.

Gemäss Stadlers Entwurf wurde die früher portallose Westfassade zur Schaufront mit grossem zentralem Masswerk-Fenster und reich verziertem Hauptportal. Auch die Nordseite bekam ein gotisches Portal. Die gotischen Fenster der Seitenschiffe und Obergaden wurden wieder geöffnet und mit Masswerk versehen.

Kreuzrippengewölbe aus vergipstem Holz überspannten die Schiffe; der bisher vermauerte Chorbogen wurde geöffnet und im ehemaligen Chor ein kleines erhöhtes Chorhaus mit Stichkappengewölbe eingebaut.

Der westlichste Teil der Jakobus-Kapelle (nördlich am Chor angebaut) wurde mit eigenem Eingang zu einer Sakristei umgebaut.

Der übrige Teil des Chores und der nach wie vor bestehenden Seitenkapellen blieb in Besitz und Nutzung des Zürcher Staates.

Die Innenausstattung folgte ebenfalls dem neugotischen Stil: Ein hölzerner Hochaltar, Nebenaltäre in den Seitenschiffen, deren Gemälde heute im Kloster Einsiedeln aufbewahrt werden. - Über dem Chorbogen eine Grisaillemalerei: Christus als Weltenrichter mit Maria und Johannes dem Täufer (Deesis), flankiert von Petrus und Paulus.

1845/46 wurde in einem Prospekt nach Stadlers Entwürfen die Orgel von Franz Joseph Bossard erstellt, - nach ref.-Neumünster (1839) die zweite Kirchenorgel in der Stadt seit der Reformation.
(vgl. bei "Orgel").