Bis 1939

Nachdem 1864 die Kirche in den Besitz der katholischen Gemeinde der Stadt übergegangen war, kam es im Zusammenhang mit der Verkündung des Unfehlbarkeits-Dogmas auf dem Ersten Vatikanischen Konzil zur Spaltung der Gemeinde: Die Mehrzahl wandte sich von Rom ab und trat 1873 dem christkatholischen (altkatholischen) Nationalbistum der Schweiz bei. Mit Unterstützung des Staates blieb sie Eigentümerin der Augustinerkirche; der letzte Rom-treue Priester nahm das Allerheiligste (die geweihte Hostie im Tabernakel) mit in seine Wohnung, um sie "vor den Abtrünnigen zu retten".

1874 erwarb die christkatholische Gemeinde auch die bisherige Münz (den ursprünglichen Chor samt den Kapellenresten) und baute darin ein Unterrichtszimmer ein.

1900/01 wurde über dem Altarhaus - durch Fialsäulen verstärkt - ein schwerer gotisierender Dachreiter errichtet, in dem ein Geläut und ein Uhrwerk Platz fanden. - Im Obergaden und in den Seitenschiffen wurden Glasgemäldefenster von Georg Röttinger eingesetzt (Reste im Landesmuseum).

Am 28.11.1900 wurde das bei H.Rüetschi, Aarau, gegossene Geläut von fünf Glocken feierlich eingebracht.

1920 wurde ein Teil der neugotischen Verzierungen wieder entfernt.

1936/38 schliesslich brach man den Chor und die Seitenkapellen ab und errichtete stattdessen das noch heute bestehende Gemeindehaus. - Die dabei entdeckten Wandgemälde der Jakobuskapelle wurden konserviert (heute in der Sakristei).