Da Urdorf als einziges der Dörfer der Pfarrei Dietikon zu Zürich gehörte (alle anderen zum katholischen Baden) und der Pfarrsprengel bis 1815 vom Zisterzienserkloster Wettingen abhing, floh der 1529 reformiert gewordene Pfarrer von Dietikon nach der Niederlage von Kappel nach Urdorf, das unter dem Einfluss von Zürich schon früher zum neuen Glauben übergetreten war. - Einen eigenen Pfarrer gab es dort aber wohl nicht; das Dorf wurde von Zürich aus versorgt (die Pfarrei St.Peter umfasste ja zunächst das ganze zürcherische Limmattal).
Lange Zeit - bis 1650 - diente die Kirche als Schullokal. - Gottesdienst-Ort blieb die alte St.Agatha-Kirche in Dietikon, die von beiden Konfessionen gemeinsam benutzt wurde.
Immerhin wurde 1628 mit Zürcher Mitteln in Oberurdorf ein reformiertes Pfarrhaus gebaut; von hier aus wurde dann die Gemeinde betreut, die auch Reformiert-Dietikon umfasste (in Dietikon, dem Hauptort der Pfarrei, war offenbar der Widerstand der Katholiken zu stark).
Aber weiterhin wählte und besoldete der Abt von Wettingen die reformierten Pfarrer.