Die Pfarrkirche von Kloten, "Unserer Lieben Frau" oder "Sankt Martin" geweiht, erstmals erwähnt 1188, gehörte seit 1400 dem Kloster Wettingen. Bis 1800 bestimmte der Abt von Wettingen wie in vielen anderen Zürcher Gemeinden - trotz Reformation - den Pfarrer (zwar aus einem Dreiervorschlag, den der Zürcher Rat ihm vorlegte). Dafür hatte das Kloster Baulasten zu tragen und den Pfarrer zu besolden (Kollatur, Kirchensatz).

Der Turm ging erst 1874 in den Besitz der Kirchgemeinde über. Dafür zahlte der Kanton Aargau als Rechtsnachfolger des Klosters Wettingen eine Ablösesumme von über 8000 Franken.

Erster reformierter Pfarrer war Ulrich Kern ("Roth-Uli"), der seit 1515 in Kloten amtete.

Nach Bauschäden durch Blitzschlag und Schneelast 1782 beschloss man einen totalen Neubau.

Die S-Fassade der Rokoko-Kirche von 1785-86. Sie wurde nach Begutachtung der Querkirchen von Horgen, Wädenswil und Oberrieden von Johannes Grubenmann entworfen und von Hans Ulrich Grubenmanns Schwager Johann Jakob Haltiner ausgeführt (er hatte auch Horgen gebaut).

Auf dem Grundriss des Vorgängerbaus wurde das Langhaus mit zentralem O-Turm (1788-90) errichtet, aber innen quer orientiert: die S-Wand als Kanzelwand, die später eingebaute Orgel auf der O-Empore (inzwischen mit dem Spieltisch auf der N-Empore), 3-seitige Emporen, Stuckdecken, Rokokoschnitzereien an der Kanzel.

Die Kanzelwand. - Die Bestuhlung und der Taufstein / Abendmahlstisch sind seit der Innenrenovation von 1958/59 total verändert, nachdem schon die Renovation von 1927 Änderungen gebracht hatte.