Hombrechtikon gehörte kirchlich bis zur Reformation zum Kloster Einsiedeln und war bis 1369 dem Priester der Ufenau unterstellt, der auch die romanische Nikolauskapelle (Vorgängerbau der heutigen Kirche, erwähnt 1308) zu versehen hatte.
1369 erkämpften sich die Hombrechtiker das Recht auf einen eigenen Pfarrer, den sie bis 1526 auch selbst wählen durften. 1526 übernahm der Zürcher Rat das Kirchenregiment und löste auch die Abgabenpflicht an die Ufenau ab.
Anstelle der romanischen Kapelle wurde 1513-24 eine grössere, gotische Kirche mit nordöstlichem Chorflankenturm gebaut, die 1664 nochmals erweitert wurde.
1758-59 erfolgte dann der Rokoko-Erweiterungsbau der Gebrüder Grubenmann. Die Stukkatur-Arbeiten wurden von Vorarlberger Handwerkern der Moosbrugger-Schule ausgeführt.
1786 musste nach einem Sturmschaden der Turmhelm erneuert werden.
Im 19. und 20. Jhd. gab es verschiedene, teils umfangreiche Renovationen, die mit grösseren Innen-Umbauten (Emporen, Orgeln) verbunden waren:
1912 versetzte man die Orgel als Neubau in den Chor.
1928 wurde der Turm renoviert.
1959 baute man eine neue Empore ein und versetzte eine wiederum neue Orgel im alten Prospekt aus dem Chor dorthin.