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Wo die Orgel bzw. ihre verschiedenen Werke im Kirchenraum ihren Platz haben soll, ist nicht nur eine Frage der Technik, Ästhetik und Akustik, sondern auch der Theologie und dementsprechend verschieden gelöst bzw. heiss umstritten.
Die Baugeschichten vieler Orgeln geben dazu verblüffende Beispiele: Hombrechtikon ZH, Pfarrkirche Marburg/D (die beiden, die der Autor am besten kennt); aber auch Bäretswil ZH (1918 / 1953) - wobei die Fronten oft auch quer durch die Konfessionen verlaufen, so dass hier nur eine "ca."-Klassifizierung versucht werden kann:
Reformiert: in alten Kirchen oft im Chor, um den Platz des früheren Hochaltars neu zu besetzen - und dem Auge dennoch etwas zu bieten (z.B. Kilchberg ZH), aber auch aus akustischen Gründen. Ästhetisch und technisch war / ist das meist problematisch wegen der verstellten Chorfenster; theologisch wird eingewandt, dass damit die Orgel / die Organistenperson ungebührlich ins Zentrum gerückt werde.
Im ZH-Grossmünster und im ZH-Fraumünster wurden die Orgeln dagegen auf der West-Empore aufgestellt - also eigentlich in der Kaiser-Loge (romanisch gesprochen) - , ebenso im ZH-St.Peter nach dem Rokoko-Umbau.